Na přelomu 19. a 20. století nastává značný hospodářský a kulturní rozmach pražské kotliny, kde se kromě historických čtyř pražských měst nachází několik velmi rychle rostoucích samostatných obcí, které jsou povyšovány na města (Vinohrady, Smíchov, Vysočany…). Mezi obce s bouřlivým rozvojem patří i Braník, který se mění z ospalé vesnice na městys. Neoddělitelnými atributy nově vznikajících, zatím správně samostatných pražských předměstí, jsou nové stavby, které symbolizují rostoucí bohatství obcí a jejich občanů.
V Braníku se staví nový pivovar, nádraží, katolický kostel, divadlo a v neposlední řadě budova školy (1894). Škola tady existovala již před rokem 1894, ale sídlila v nevyhovující přízemní budově, která připomínala venkovský statek. Novostavba školy byla výstavnější a stala se chloubou Braníku. Škola si zavedla školní kroniku, kde podrobně zaznamenávala počty žactva, jména učitelů a důležité události života školy. Nad hlavním vchodem, tak jak bývalo tehdy zvykem, bděla bysta J.A.Komenského
Vznik ČSR byl dalším impulsem pro rozvoj Prahy a okolí. Braník se stává součástí Velké Prahy, i když ještě tramvaj končí u Dvorců a domů se musí šlapat pěšky. Škola se plní žáky a pomalu její kapacita nestačí. 30-tá léta jsou ve znamení stavebního ruchu. Staví se nové činžovní domy, stará zástavba je nahrazována prostornými vilkami velkoměstského typu. Mizí zahrady a stavební proluky.
V roce 1938 je postavena nová moderní budova školy ve funkcionalistickém stylu. Obě školní budovy jsou plné žactva. Protože v té době byla ohrožena Československá republika, dbalo se, aby veřejné novostavby měly protiletecké kryty pro civilní obyvatelstvo. Nová škola tak má podzemní labyrint místností, chodeb a technického zázemí krytu. Ve vstupní hale školy se objevuje bysta E. Beneše a škola nese jeho název.
Rozbitím ČSR a vznikem Protektorátu Čechy a Morava mění se situace i v branické škole. Novostavba školy je určena pro potřeby německé branné moci a žáci se učí na směny ve staré škole. Ze školy musí odejít z politických a rasových důvodů několik učitelů a žáků. Zavádí se povinná němčina, začínají problémy se zásobováním paliva. Podle zápisu ve školní kronice z přelomu let 1944-1945 škola pro nedostatek uhlí musela prodloužit vánoční prázdniny až do poloviny března.
V květnu 1945 má své oběti i Braník. Přímo před budovou školy umírá jeden z pražských povstalců. Nově získaná svoboda otevírá nové obzory. Přicházejí noví učitelé, roste počet žáků.
Po roce 1948 s novým režimem dochází opětně ke změnám i v branické škole. V nové budově vzniká „jedenáctiletka“ – škola nahrazující „přežité“ gymnázium. Děti školou povinné se tísní ve staré budově a provizorních učebnách v dřevěných barácích nad strou školou. Škola má nový název – Základní devítiletá škola primátora Vacka. Žije v rudém stínu, jako stovky dalších škol v republice. Žáci nosí rudé šátky, učitelé sedí na ideových školeních a plní socialistické závazky.
Rok 1989 se stává novým předělem ve vývoji školy. Konečně svítá naděje realizace opravdového demokratického vzdělávání bez ideových nánosů a omezení.
V roce 1994 škola získává právní subjektivitu. Na provoz školy se zvyšují dotace, a tak začíná období rekonstrukcí. Staví se nová plynová kotelna, rekonstruuje se školní jídelna, školní hřiště (malé a velké), investuje se do moderních učebních pomůcek. Vznikají moderní odborné učebny.
Díky sponzorským darům soukromých firem a bank jsou na škole dvě počítačové učebny, každá kmenová učebna a kabinety učitelů mají alespoň jeden počítač.
Moderně jsou vybaveny odborné učebny fyziky a chemie, přírodopisu a zeměpisu, dějepisu a výchovných předmětů, jazykové učebny. Od roku 2000 jsme Fakultní školou Pedagogické fakulty UK v Praze.
